ระบบกรองช่วยให้น้ำใส และเป็นที่อยู่ของจุลินทรีย์ที่กำจัดของเสียจากปลา ควรเลือกชนิดให้เหมาะกับขนาดตู้และนิสัยของปลา
กรองทำหน้าที่สามอย่าง คือ ดักตะกอนและสิ่งสกปรก (กรองกล) เลี้ยงจุลินทรีย์ที่เปลี่ยนแอมโมเนียเป็นไนไตรต์แล้วเป็นไนเตรต (กรองชีวภาพ) และสร้างกระแสน้ำเพื่อให้น้ำแลกเปลี่ยนออกซิเจน ในสามอย่างนี้ กรองชีวภาพสำคัญที่สุด เพราะน้ำในตู้อาจใสแจ๋วแต่ยังเป็นพิษได้ถ้าจุลินทรีย์ยังมีไม่พอ
ไม่มีกรองชนิดไหน "ดีที่สุด" กรองฟองน้ำราคาถูก เงียบ และปลอดภัยกับลูกปลาวัยอ่อนและกุ้งแคระ กรองแขวนติดตั้งง่ายสำหรับตู้ 40–100 ลิตร กรองนอกแรงและประหยัดพื้นที่ เหมาะกับตู้ใหญ่หรือตู้ไม้น้ำ ส่วนปลาลำธารอย่างปลาติดหินต้องเพิ่มตัวทำคลื่นด้วย
ปั๊มอากาศผ่านสายยางไปยังหัวทราย ตัวมันเองไม่ได้กรองน้ำ แต่ใช้ขับกรองฟองน้ำและเพิ่มออกซิเจนเมื่ออากาศร้อนหรือเมื่อปลาป่วย
วิธีเลือก: ปั๊มลม 2 ทางหนึ่งตัวพอสำหรับกรองฟองน้ำ 2 ตัว ควรติดวาล์วกันน้ำย้อนเพื่อไม่ให้น้ำไหลย้อนกลับเมื่อไฟดับ
ปั๊มขนาดเล็กที่วางในตู้ ดันน้ำให้เป็นกระแสแรงโดยไม่ได้กรอง ใช้กับปลาลำธาร ปลาติดหิน และปลาบู่ลำธารที่ต้องการน้ำไหลและออกซิเจนสูง
วิธีเลือก: อัตราการไหลรวม (กรอง + ตัวทำคลื่น) ประมาณ 10–20 เท่าของปริมาตรตู้ต่อชั่วโมงสำหรับตู้ลำธาร และเว้นมุมที่น้ำนิ่งไว้ให้ปลาพัก
ตู้เสริมที่วางในตู้ขาตั้ง น้ำล้นลงมาผ่านช่องวัสดุกรองหลายช่อง แล้วถูกปั๊มกลับขึ้นไป ใส่วัสดุกรองได้มาก และซ่อนฮีตเตอร์กับอุปกรณ์ต่าง ๆ ได้
วิธีเลือก: เหมาะกับตู้ตั้งแต่ 300 ลิตร บ่อปลาขนาดใหญ่ และปลากินเนื้อ ต้องใช้ตู้เจาะรูหรือกล่องน้ำล้น และต้องเผื่อพื้นที่รับน้ำเวลาไฟดับ
ถังปิดสนิทที่วางในตู้ขาตั้ง ต่อท่อดูดและท่อจ่ายเข้ากับตู้ ใส่วัสดุกรองได้มาก ทำงานเงียบ และไม่กินพื้นที่ในตู้ จึงนิยมใช้กับตู้ไม้น้ำและตู้ตั้งแต่ 60 ซม.
วิธีเลือก: เลือกอัตราการไหลที่ระบุบนกล่องประมาณ 4–6 เท่าของปริมาตรตู้ต่อชั่วโมง (ตู้ 120 ลิตร ใช้กรอง 500–700 L/h) ล้างทำความสะอาด 1–2 เดือนครั้ง
กล่องกรองที่แขวนไว้ที่ขอบตู้ น้ำถูกดูดขึ้นไปแล้วไหลล้นกลับลงตู้เหมือนน้ำตกเล็ก ๆ ราคาถูก ติดตั้งง่าย และเปลี่ยนใยกรองง่าย
วิธีเลือก: เหมาะกับตู้ 20–100 ลิตร ถ้าเลี้ยงกุ้งแคระหรือปลาตัวเล็ก ควรสวมฟองน้ำที่หัวดูดเพื่อไม่ให้ถูกดูดเข้าไป
ก้อนฟองน้ำที่ทำงานด้วยปั๊มลม ฟองอากาศจะดึงน้ำผ่านฟองน้ำ และจุลินทรีย์อาศัยอยู่ในรูพรุนของฟองน้ำ กระแสน้ำเบา ไม่ดูดลูกปลา และแทบไม่เสีย
วิธีเลือก: เหมาะกับตู้ต่ำกว่า 60 ลิตร ตู้ปลากัด ตู้กุ้งแคระ ตู้เพาะพันธุ์ และตู้อนุบาลลูกปลา เวลาทำความสะอาดให้บีบฟองน้ำในน้ำเก่าจากตู้ อย่าล้างใต้ก๊อก เพื่อรักษาจุลินทรีย์ไว้
คำนวณปริมาตรตู้ (ยาว × กว้าง × สูง ซม. ÷ 1000 = ลิตร) แล้วเลือกกรองที่มีอัตราการไหล 4–6 เท่าของปริมาตรนั้นต่อชั่วโมง
ลูกปลาวัยอ่อน กุ้งแคระ ปลากัด และปลาครีบยาว: ต้องการกระแสน้ำเบา ควรเลือกกรองฟองน้ำหรือกรองแขวนที่ปรับแรงน้ำได้
ปลาลำธาร ปลาติดหิน และปลาบู่ลำธาร: ใช้กรองแรงร่วมกับตัวทำคลื่น และให้ออกซิเจนมาก ๆ
ปลาใหญ่และปลาที่กินจุ (ปลาหมอสี ปลาทอง ปลาหนัง): เลือกกรองใหญ่กว่าปริมาตรตู้หนึ่งขนาด
ตู้ไม้น้ำที่ใส่ CO2: กรองนอกเก็บ CO2 ได้ดีกว่ากรองน้ำตก เพราะผิวน้ำถูกกวนน้อยกว่า
ล้างวัสดุกรองด้วยน้ำประปาที่มีคลอรีน ทำให้จุลินทรีย์ตาย ตู้ต้องเริ่มวงจรไนโตรเจนใหม่ และปลาตายยกตู้
เปลี่ยนใยกรองและเซรามิกริงทั้งหมดพร้อมกัน ควรทยอยเปลี่ยนทีละส่วน
ปล่อยปลาทันทีหลังติดตั้งกรอง ตู้ใหม่ต้องใช้เวลา 3–6 สัปดาห์ให้จุลินทรีย์เติบโต
ปิดกรองตอนกลางคืนเพื่อให้เงียบ จุลินทรีย์ที่ขาดออกซิเจนจะตายภายในไม่กี่ชั่วโมง
Paracheirodon axelrodi
Akysis hendricksoni
Macropodus opercularis
Astronotus ocellatus
Akysis varius
Trichogaster lalius
Akysis maculipinnis
Acrochordonichthys rugosus
Ambastaia nigrolineata
Trigonostigma heteromorpha
Barbodes semifasciolatus
Channa bleheri
ตู้ 60 ซม. (ประมาณ 54–60 ลิตร) ใช้กรองแขวน 300–400 L/h หนึ่งตัว กรองนอกขนาดเล็กหนึ่งตัว หรือกรองฟองน้ำสองตัวถ้าเลี้ยงกุ้งแคระและปลาตัวเล็กก็ได้ผลดี
ล้างเมื่อกระแสน้ำอ่อนลงอย่างเห็นได้ชัด โดยทั่วไปทุก 2–4 สัปดาห์สำหรับกรองฟองน้ำและกรองแขวน และทุก 1–2 เดือนสำหรับกรองนอก ควรล้างวัสดุกรองในน้ำที่เพิ่งเปลี่ยนออกจากตู้เสมอ
ต้องเปิด จุลินทรีย์ในกรองต้องการน้ำที่มีออกซิเจนไหลผ่านตลอดเวลา ถ้าปิดไปไม่กี่ชั่วโมงจุลินทรีย์ก็เริ่มตาย
ไม่จำเป็น ถ้ากรองกวนผิวน้ำได้ดี แต่ควรมีเมื่ออุณหภูมิน้ำเกิน 28 °C เมื่อเลี้ยงปลาหนาแน่น หรือเมื่อใช้ยารักษาโรค
ปลาเสือสุมาตรา
ปลาบู่บัมเบิ้ลบี
ปลากระสูบสาละวิน
ปลารากกล้วย
ปลาเสือตออินโด
ปลาเรดเทล แคทฟิช
ปลาสวาย
ปลาช่อนแอนดราโอ
ปลาซิวหนวดยาว
ปลาม้าลาย
นีออนดำ
ปลาบาร์บลายเส้น